白色彗星帝国との戦いから三年──。
滅びに瀕したガミラス民族を救うべく、新たな母星の探索を続けていた
デスラー総統は、天の川銀河の一画に条件に見合う星を見出す。
が、そこは、強大な星間国家の領域内であった。
銀河で勃発した領土紛争は、ガミラスと安全保障条約を結ぶ地球を
否応なく巻き込んでゆく。
地球に軍事的・経済的優位性をもたらしてくれた時間断層という魔法は、
自分たちの命と引き替えに消滅してしまった──
自責の念に駆られながらも、ヤマト新艦長の任についた古代進は、
来るべき有事に備えて新クルーらと共に訓練航海に旅立つ。
その中に、自分をつけ狙う何者かが紛れ込んでいるとも知らずに。
かつてない不安の時代に、新たなる旅立ちの時を迎えるヤマト。
その行く手では、想像を絶する新たな敵が待ち構えていた……。
ガトランティスとの死闘、そしてヤマト帰還から月日は流れ、時に西暦2205年。新天地となる惑星を探し続けたデスラーは、ついにガミラス人が生存可能な惑星〈ガルマン〉へ辿り着いた。ガトランティスとの死闘、そしてヤマト帰還から月日は流れ、時に西暦2205年。新天地となる惑星を探し続けたデスラーは、ついにガミラス人が生存可能な惑星〈ガルマン〉へ辿り着いた。母星の寿命が尽きる前に、全ガミラス民族を他の惑星へと移民させる。それこそが、いまのデスラーに架せられた尊い約束であった……。
そのころ地球では第三次改装を経て生まれ変わった宇宙戦艦ヤマトを旗艦とする、第65護衛隊が編制されていた。新体制に併せてクルーも補充。若きクルーのなかには、あの徳川機関長の息子、徳川太助や、ヤマトへと険しい眼差しを向ける青年、土門竜介の姿があった。第65護衛隊の初任務はガミラスとイスカンダルへの表敬訪問。しかし恐るべき超科学を誇るデザリアム艦隊がガミラスへ襲来し、事態は急変する。ガミラス星は消滅。さらにはイスカンダルが暴走を始めてしまう。
新たなるクルーを乗せた新たなるヤマトが旅立つ、その先に待つものとは──!?