時に西暦2205年。ガミラス民族の移民先を探し求めたデスラーは、〈ガルマン〉という名の星へと辿り着いた。一方、地球では宇宙戦艦ヤマトが旗艦となる第65護衛隊が誕生。出航前の訓練に明け暮れる若きクルーのなかには、ヤマトへと険しい視線を向ける青年、土門竜介の姿があった。

土門は不正な手段を使ってヤマト配属を叶えていた。第65護衛隊、出航の日。新たなるクルーの手で、ヤマトが動き出す。機関室には、あの徳川機関長の息子、徳川太助。そして舵を握るのは、土門。ヤマト艦長となった古代進は、彼に艦を託すことでその覚悟を問う。

突如現れた無数の黒色の槍〈デザリアム・ハンマー〉がガミラス星へと刺さり、惑星のコア融解を加速させた。やがて惑星は崩壊を始め、大地は裂け、残された人々がマグマに呑まれてゆく。ひとりでも多くの民を救おうとするデスラーの決意も虚しく、いまガミラス星に最期の刻が──!?

デザリアム艦隊襲来!!　イスカンダルの海に退避した難民を救うべく、デスラー艦隊は孤立しながらも戦闘を続けていた。しかし戦渦が及ぶことを危惧した地球政府は、ヤマトに介入を禁じ帰還を命令する。土門たち若者は、そんな大人たちの態度に納得できず反乱を企てるのだが……。